Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 25 tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Laboratorium Kesehatan Masyarakat, Balai Besar Labkesmas Banjarbaru memiliki fungsi sebagai berikut:

  1.  Penyusunan rencana, program, dan anggaran;
  2.  Pelaksanaan pemeriksaan laboratorium kesehatan;
  3.  Pelaksanaan surveilans kesehatan berbasis laboratorium;
  4.  Analisis masalah kesehatan masyarakat dan/atau lingkungan;
  5.  Pelaksanaan pemodelan intervensi dan/atau teknologi tepat guna;
  6.  Pelaksanaan penilaian dan respon cepat, dan kewaspadaan dini untuk penanggulangan kejadian luar biasa/wabah atau bencana lainnya;
  7.  Pelaksanaan penjaminan mutu laboratorium kesehatan;
  8.  Pengelolaan biorepositori;
  9.  Pelaksanaan bimbingan teknis;
  10.  Pelaksanaan sistem rujukan laboratorium;
  11.  Pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan;
  12.  Pengelolaan data dan informasi;
  13.  Pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; dan
  14.  Pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang Labkesmas.