Sebelum Kemerdekaan

Pada tahun 1900, Pemerintah Hindia Belanda mendirikan Dienst voor de Volksgezondheid, kantor layanan kesehatan masyarakat yang memiliki bagian bernama Technische Gezondheid Werken, bertugas membangun penyediaan air minum dan mengawasi kualitas produksi air minum dan minuman. Pada tahun 1920, kantor ini mendirikan Proefstation voor Rivierwater Zuivering voor Drinkwater di Manggarai, Jakarta Selatan, di bawah pimpinan Ir. CP. Mom, yang melakukan penyelidikan lapangan, pengolahan, pencarian sumber air, dan rancangan konstruksi.

Pada tahun 1935, unit ini dipindahkan ke Bandung dan berganti nama menjadi Laboratorium voor Technische Hygiene en Drinkwater voor Zuivering van de Volks Gezondheid, bertempat di kompleks Technische Hoogeschool yang kini dikenal sebagai Institut Teknologi Bandung. Pada masa pendudukan Jepang (1942–1945), lembaga ini berubah nama menjadi Kogiyo Dai Gakku di bawah Kementerian Pengajaran, dipimpin oleh Ir. Yuna.

Perpindahan ke Yogyakarta

Setelah proklamasi kemerdekaan RI, laboratorium ini diganti nama menjadi Laboratorium Kesehatan Teknik (LKT) di bawah pimpinan Bapak Kahar, bekerja sama dengan Sekolah Tinggi Teknik (STT) pimpinan Prof. Ir. Rooseno. Pada tahun 1953, LKT berganti nama menjadi Lembaga Ilmu Kesehatan Teknik Bandung Cabang Yogyakarta. Pada tahun 1954, Lembaga Ilmu Kesehatan Teknik Bandung diserahkan kepada ITB, sementara cabang Yogyakarta pada tahun 1967 kembali bernama Laboratorium Kesehatan Teknik Yogyakarta, di bawah Sekretariat Jenderal Departemen Kesehatan RI.

Perubahan Nama Menjadi Balai Teknik Kesehatan Lingkungan (BTKL)

Pada 28 April 1978, terbit Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 143/Men.Kes/SK/IV/1978 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Balai Teknik Kesehatan Lingkungan. BTKL ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis di bidang kesehatan lingkungan, bertanggung jawab kepada Direktur Instalasi Kesehatan, Direktorat Jenderal Pelayanan Kesehatan. Tugasnya meliputi pemeriksaan spesimen kesehatan lingkungan — air minum, air badan air, air kolam renang, air tanah, air laut, udara, kebisingan, hingga buangan padat, cair, dan gas — serta pelayanan pemecahan masalah, sistem rujukan, dan pelatihan di bidang teknik kesehatan lingkungan.

Pembentukan BTKL Jakarta dan Surabaya

Pada 1981, BTKL Yogyakarta membentuk pos Jakarta untuk wilayah DKI Jakarta dan Jawa Barat, disusul pos Surabaya pada 1982 untuk wilayah Jawa Timur. Tahun 1989, kedudukan BTKL dilimpahkan kepada Direktur Jenderal Pemberantasan Penyakit Menular dan Penyehatan Lingkungan Pemukiman (Dirjen PPM & PLP) melalui SK Menkes No. 426/Menkes/SK/VI/1989.

Proses pelembagaan BTKL Jakarta dan Surabaya berlanjut melalui pembentukan tim pada 1992, usulan resmi pada 1993, hingga disetujui oleh Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara. Ketiganya kemudian dikukuhkan sebagai UPT eselon IIIb melalui Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 1023/Menkes/SK/XI/1993, dengan tugas yang diperluas meliputi pengkajian dan pengembangan teknologi tepat guna, pengendalian mutu, serta kalibrasi peralatan kesehatan lingkungan.

Pembentukan BTKL Medan, Batam, Ujung Pandang, dan Banjarmasin

Pada 21 April 1998, terbit Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 392/Menkes/SK/IV/1998. BTKL Banjarmasin ditetapkan bertempat di Banjarbaru, dengan wilayah kerja Provinsi Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, dan Kalimantan Timur — inilah titik awal keberadaan lembaga di Banjarbaru. Tugasnya meliputi pengkajian dampak kesehatan lingkungan, penapisan IPTEK, pengembangan teknologi tepat guna, pengendalian mutu, hingga penyediaan sarana pendidikan dan pelatihan.

Pada akhir tahun yang sama, melalui Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 1500/Menkes/SK/XII/1998, jabatan Kepala BTKL Yogyakarta, Surabaya, dan Jakarta dinaikkan menjadi eselon IIIa.

Sepuluh BTKL dan Perubahan Menjadi BTKLPPM

Pada 14 September 1999, terbit SK Menkes No. 1095/Menkes/SK/IX/1999 yang mengelompokkan BTKL menjadi Tipe A dan Tipe B, sekaligus menambah jumlahnya dari 7 menjadi 10 balai. BTKL Banjarmasin masuk kategori Tipe B dengan wilayah kerja Kalimantan Selatan, Tengah, dan Timur. Pada 2002, kedudukan seluruh BTKL disesuaikan berada di bawah Direktur Jenderal Pemberantasan Penyakit Menular dan Penyehatan Lingkungan.

Perubahan besar terjadi pada 8 Maret 2004 melalui Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 267/Menkes/SK/III/2004: BTKL berganti nama menjadi BTKLPPM, dengan tugas yang diperluas mencakup surveilans epidemiologi, laboratorium rujukan, kendali mutu dan kalibrasi, pendidikan dan pelatihan, kewaspadaan dini, serta penanggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB). Dalam struktur baru ini, Banjarbaru ditetapkan sebagai BTKL Kelas I dengan wilayah kerja Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, dan Kalimantan Timur.

Pada 24 September 2008, melalui Permenkes Nomor 891/Menkes/Per/IX/2008, BTKLPPM Kelas I Banjarbaru dinaikkan statusnya menjadi Balai Besar — sejak titik ini nama Banjarbaru resmi disandingkan dengan sebutan "Balai Besar".

Perubahan Menjadi B/BTKLPP

Pada 22 November 2011, terbit Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 2349/Menkes/PER/XI/2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja UPT Bidang Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit, menyesuaikan struktur dengan perubahan pada Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan. Beberapa perubahan penting meliputi penambahan fungsi surveilans faktor risiko penyakit tidak menular, penyesuaian pembinaan administratif dan teknis fungsional, serta perluasan spesifikasi tugas di bidang surveilans epidemiologi dan pengembangan teknologi & laboratorium. Nama Seksi Teknologi Pemberantasan Penyakit Menular pun diubah menjadi Seksi Teknologi Pengendalian Penyakit, sejalan dengan pergeseran istilah dari "pemberantasan" menjadi "pengendalian" penyakit di seluruh peraturan.

Perubahan B/BTKLPP Menjadi B/B Labkesmas

Pada 16 Agustus 2023, terbit Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 25 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Laboratorium Kesehatan Masyarakat, menyesuaikan struktur dengan perubahan pada Direktorat Jenderal Kesehatan Masyarakat. Melalui peraturan ini, Balai Besar, Balai, dan Loka Labkesmas berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Kesehatan Masyarakat.

Tugas B/B Labkesmas kini mencakup penyusunan rencana, program, dan anggaran; pemeriksaan laboratorium kesehatan; surveilans kesehatan berbasis laboratorium; analisis masalah kesehatan masyarakat dan/atau lingkungan; pemodelan intervensi dan teknologi tepat guna; penilaian dan respons cepat serta kewaspadaan dini untuk KLB, wabah, atau bencana; penjaminan mutu laboratorium; pengelolaan biorepository; bimbingan teknis; sistem rujukan laboratorium; jejaring kerja dan kemitraan; hingga pengelolaan data, informasi, dan pelaporan. Pembinaan Kepala B/B Labkesmas dilakukan secara administratif oleh Sekretariat Direktorat Jenderal Kesehatan Masyarakat, dan secara teknis fungsional oleh direktorat terkait di lingkungannya.

Di bawah nama inilah Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Banjarbaru menjalankan tugasnya hingga saat ini, melanjutkan perjalanan panjang sejak masa Hindia Belanda hingga menjadi lembaga laboratorium kesehatan masyarakat modern di Kalimantan.