Sasaran strategis BBTKLPP Banjarbaru adalah: Meningkatnya pengendalian penyakit dan penyehatan lingkungan berbasis laboratorium.

Dalam upaya mencapai sasaran strategis melalui peningkatan kinerja bidang Analisis Dampak Kesehatan Lingkungan (ADKL), bidang Surveilans Epidemiologi (SE), Bidang Pengembangan Teknologi Laboratorium (PTL) dan Bagian Tata Usaha (TU).